La simpatica Mikan vive in un paesino di campagna con il nonno. Un giorno, la sua migliore amica, Hotaru, lascia la città per entrare nell’Alice Academy, una scuola per ragazzi dotati di poteri sovrannaturali (detti “Alice”). Decisa a rivederla, Mikan si reca a Tokyo. Per caso, incontra Narumi, un professore della scuola, che si accorge di un raro potere nascosto in lei: la capacità di annullare gli Alice altrui. Così, Narumi decide di iscriverla all’Accademia.